食品级SC标准车间的工艺设计对食品洁净车间的净化系统尤为重要，应考虑布局的合理性及流畅，设备布置应符合生产流程要求，同类型设备宜集中布置。工艺布置宜使原料、半成品的运输距离缩至最短，避免生产过程中发生交叉污染。
1、关于工艺布局
工艺平面应与工艺要求的洁净车间（洁净用房）等级相适应，并应防止食品、食品接触面和食品包装受到污染。。原料、半成品、成品、生食和熟食应在各自独立的有完整分隔的生产区内加工制作。生产和操作过程中产生粉尘和气体污染的工艺设备宜不在洁净车间外，若布置在室内时，宜靠墙且靠近回、排风口或设局部排风装置的位置布置。操作台之间、设备之间以及设备与建筑围护结构之间应有安全维修和清洁的距离。
2、物流与物料净化
进入洁净区的各种物料原辅料、设备、工具和包装材料等应在拆包间进行拆包、清理等处理，拆包间一般跨洁净区与非洁净区设置，在工程实践中，拆包间一般包括两个房间，一个是在非洁净区内拆外包装间，一个是在洁净区的物料暂存间，两个房间组成广义上的拆包间，这就是常说的拆包间跨区设置。
在不同等级的洁净用房之间进行物料传递时，宜采用传递窗，也可通过设置在不同等级洁净用房之间的缓冲室进行物料传递。当采用传送带连续传送物料、物件时，传送带不应穿越非洁净区，应在洁净区与非洁净区之间设置缓冲设施，并在两区之间分段传送，可采取有效的、不损伤食品品质的其他清洁消毒措施，但应注意传输速度与消毒作用时间的合理匹配。如采取有特定辐射照度的紫外线灯照射消毒或喷洒酒精。
当生产流水作业需要在洁净用房墙上开洞时，宜在洞口保持从洁净用房等级高的一侧经孔洞压向洁净车间等级低的一侧或按工艺要求的定向气流，洞口气流平均风速不应小于0.2m/s，停止生产时洞口宜有封闭的措施。
3、关于人员净化
人员通过用房宜包括雨具存放、换鞋、存外衣、卫生间、盥洗室、淋浴室、换洁净或无菌工作服、换无菌鞋和空气吹淋室等设施。更衣室内脱衣区和穿洁净工作服区应有分隔，穿洁净工作服区应按Ⅲ～Ⅳ级洁净用房设计，穿无菌内衣及其区域宜按Ⅱ～Ⅲ级洁净用房设计。
