在整个净化系统中，过滤设备担当着重要角色，洁净室配备的过滤设备包含初效、中效、高效这三个级别，其中末端过滤系统的高效过滤器，决定着净化设备的整体运转效果，因此高效过滤器的保养与更换十分关键。首先我们要知道，影响高效过滤器的使用寿命因素有很多，包括粉尘情况、车间湿度、空调系统的运行模式、厂房设施的维护保养等，因此更换高效过滤器并不能笼统地依靠肉眼的鉴别、身体的感知和限定的周期，要进行验证后来确认是否更换。决定高效过滤器的更换标准有如下几个：
一、气流速度降至较低值：洁净室设计时的送风量是额定风量的60%-80%，GMP规定高效风速小于0.35时必须更换高效过滤器，测试风速可以使用风速测试仪。
二、阻力值达初阻值的2倍：在安装时，由于不会给每个高效送风口都安装压差表，因此在测试阻力时，要到技术夹层中将送风口钻孔来进行测试，当数值大于初阻力的2倍就要更换。
三、出现无法修补的渗漏：当高效过滤器出现这些渗漏情况包括产生没法修复的漏洞、总修复面积超出3%，修复点大于3点，单点修复面积超过2cmX2cm时，要更换高效过滤器。
经验来说，高效过滤器在常规运用下，可使用1-2年，在较好的使用条件下，且特定的使用环境，其使用期限也可达到3年。
要想延长高效过滤器的使用寿命，比较好的方法是将灰尘挡在预过滤器，更换预过滤器无需停产、调试，不影响工期。另外要注意的是，在设计净化工程时，要选择合理的净化工程设计方案，新风处理、洁净室风淋控尘方案要科学有效，在根源上保障高效过滤器的使用寿命。此外在高效过滤器的保养上，要注重清洁，包括外部清洁和内部清洁，及时清理堆积的灰尘，延长使用寿命。
